Aytunç Altındal, Üç İsa'da tarihsel ve/veya mitolojik İsa'yı değil, bir bakıma İsa'nın yaşantısının diyalektiğini, tanrı, bilim eğitimi ve perspektifiyle ele alıyor. Türkçeye eksik ve yetersiz olarak laik ya da çağdaş diye çevrilen sekülerlik (dünyevilik) anlayışının "ateism"den, "laiklik"ten, "çağdaşlaşmacılık"tan; farklı olan boyutlarını gösteriyor. İsa, Musevi olmasına rağmen bu kapalı-devre işleyen ve bir din olmaktan çok bir 'varoluş tarzı' sayılabilecek olan yapıya getirdiği seküler yeniliklerle tanımlanıyor.

İngiltere'de, 1992 yılında İngilizce olarak yayımlandığında Müslüman bir araştırmacının, İslami olmayan bakış açısıyla Hıristiyan teolojisini içinden irdeleyen Üç İsa, dünyadaki çeşitli ilahiyat fakültelerinin literatürüne girdi ve yardımcı ders kitabı olarak kabul edildi.